Edipower nasce a seguito della liberalizzazione del mercato elettrico italiano, introdotta dal Decreto Bersani (79/1999), che a sua volta recepiva la direttiva 96/92 CE sull'armonizzazione dei mercati nazionali dell'energia elettrica. Il Decreto prescriveva la cessione, da parte dell'operatore unico Enel, di almeno 15.000 MW della propria capacità produttiva, attraverso il conferimento degli impianti a tre Generation Companies (le cosiddette "Gen.Co."): Eurogen, Elettrogen e Interpower.
Nel maggio 2002 Eurogen, la più grande delle Gen.Co. di Enel, viene acquisita da un gruppo di investitori industriali (Edison, AEM Milano, AEM Torino e Atel) e finanziari (Unicredit, Royal Bank of Scotland e Interbanca) attraverso la società Edipower SpA; successivamente Eurogen viene incorporata in Edipower. Nel corso del 2007 gli investitori finanziari escono dall'azionariato della società e a partire dal 1° gennaio 2008 Edipower raggiunge la struttura societaria attuale.
Per quanto riguarda le altre due GenCo, Elettrogen viene acquistata dal consorzio costituito dalla società spagnola Endesa e dall'ASM di Brescia, mentre Interpower è acquisita da una società formata da Acea, la società belga Electrabel Suez S.A. e altri investitori italiani.
Con l'acquisizione di Eurogen, Edipower ha avviato da subito un significativo piano di investimenti:
La realizzazione dell'impianto fotovoltaico di Brindisi, nel 2008, segna per Edipower l'avvio della realizzazione di impianti di energia da fonti rinnovabili.
